Съемки сиквела "Невыполнимого задания" проходили весной и летом 1999 года. Съемочная группа побывала разных местах: в Австралии, штате Юта и в Лос-Анджелесе. Одной из самых больших проблем стало желание Круза исполнять сложнейшие трюки самому, что заставило режиссера-постановщика Джона Ву как следует понервничать. "Я с большим уважением отнесся к тому, что Том пожелал исполнять все трюки сам", - говорит Ву, - "Но иногда он пугал меня до смерти. Конечно, у нас была потрясающая команда каскадеров под руководством Брайана Смертца, кому Том очень доверял. Группа была изумительно подготовлена, но даже несмотря на это постоянно возникала мысль: "А что если случится что-то не так, что если какой-нибудь трос оборвется".

Одна из самых эффектных сцен в "Миссии: Невыполнима 2" стал знаменитый трюк со скалой в начале фильма, который снимался на горе Моаб в штате Юта. В этой сцене герой Круза висит на отвесной скале. Режиссер Джон Ву: "Я думаю, что для меня это было самым нервным моментом за все съемки. Том висел на утесе на огромной высоте и висящий поблизости вертолет фактически касался его. Если вы считаете, что он сделал трюк за один раз, то вы ошибаетесь, он повторял его снова и снова, чтобы сцена была совершенной". При этом режиссер хорошо понимает, что двигало Крузом. "Том обожает ощущать максимально близкий контакт со зрителем", - говорит Ву, - "Вот почему он настаивает на том, что будет делать все трюки сам. Он не может даже допустить мысли что кого-то разочарует". Продюсер Пола Вагнер: "Том знает пределы своих возможностей. Он выкладывается без остатка и целиком и полностью полагается на прекрасную команду людей, которая с ним работает. Во время съемок Том во впечатляющей физической форме. Особенно поражало его удивительное умение сконцентрироваться".